Es el órgano autónomo del Instituto encargado de la revisión, control, fiscalización, investigación, inspección y vigilancia de los ingresos, egresos, recursos y patrimonio del INE. Así mismo, fija responsabilidades administrativas a las y los servidores públicos del Instituto según lo previsto en los artículos 108, 109 y 113 de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos.
Otras de sus principales funciones son:
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Ayudar al logro de la misión, visión, estrategias, proyectos, programas y funciones del INE, fortaleciendo el proceso de rendición de cuentas.
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Mejorar la gestión de recursos y resultados, mediante el impulso del uso y aprovechamiento de las TIC en la gestión del propio Instituto.
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Prevenir irregularidades mediante auditorías, procedimientos, métodos y sistemas necesarios para la fiscalización de recursos.
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Verificar que lo recibido, manejado, administrado o ejercido, tratándose de recursos públicos, se haga conforme a la normativa aplicable.
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Revisar que las operaciones presupuestales se realicen con apego a las disposiciones legales.
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Revisar que en las obras, bienes y servicios adquiridos o arrendados, se hayan aplicado legal y eficientemente.